Immunité
& Écologie
Microbienne

Chef(fe) d'équipe :

Larsen Martin

Contacter l'équipe

Colonisation initiale de l’intestin humain. Nous étudions les interactions entre l’exposition environnementale, le microbiote intestinal et l’immunité de l’hôte pour comprendre l’homéostasie du microbiote intestinal sain et la physiopathologie humaine. Notre objectif est de décrypter le rôle de l’immunité adaptative sur l’homéostasie du microbiote intestinal, avec un focus particulier sur l’immunoglobuline A spécifique du microbiote (immuno-microbiote).

Nous cherchons à identifier des cibles d’anticorps et à quantifier les métabolites alimentaires aux propriétés immunomodulatrices et à les associer à la composition du microbiote intestinal et aux profils immun-microbiote.

Nous démêlerons les interactions microbiennes, environnementales et immunologiques dans des modèles de barrière intestinale in vitro pour démêler les idées mécanistes concernant l’effet des microbes sur l’intégrité de la barrière intestinale. Nous visons enfin à rechercher si la composition aberrante du microbiote intestinal et/ou l’immunité intestinale peuvent être associées à la physiopathologie humaine spatialement éloignée de l’intestin, comme l’obésité et l’allergie.

bactéries intestinales, microbiome de l'intestin aide à contrôler la digestion intestinale et le système immunitaire
microbiome de l'intestin du nourrisson, matériel génétique de tous les microbes

Les membres de l'équipe

Martin LARSEN

Martin LARSEN

Team Leader

ORCID
Djelika TRAORE

Djelika TRAORE

(PhD student)

Remy VILLETTE

Remy VILLETTE

(PhD student)

ORCID

Nos recherches se déclinent en 2 axes

  • Recherche translationnelle
  • Métagénomique
  • Secrétaire IgA
  • Immuno-microbiote
  • Écologie
  • Barrière intestinale

1. Colonisation du microbiote intestinal au début de la vie et allaitement

L’homme est colonisé dès sa naissance par des microbes environnementaux d’origine principalement maternelle.

On pense que la colonisation initiale et le transfert de l’immunité maternelle par l’allaitement ont un impact sur la santé du nourrisson à court et à long terme en conférant une protection contre les infections et potentiellement une résistance aux maladies métaboliques et allergiques. Nous évaluons l’importance des habitudes alimentaires sur l’immunité maternelle (sIgA dans le microbiote intestinal et le lait maternel) et sur la colonisation néonatale et l’installation de la tolérance immunologique par une nouvelle approche immuno-métagénomique à haut débit. Nous intégrons des données métabolomiques et toxicologiques ainsi qu’épidémiologiques, telles que l’exposition aux métabolites et polluants d’origine alimentaire ainsi que les événements infectieux, les antibiotiques, les allergènes et les polluants atmosphériques dans une cohorte de naissance d’individus vivant à travers l’Europe dans des environnements de biodiversité différente.

L’impact des habitudes alimentaires gestationnelles et en début de vie sur les états dysbiotiques du microbiote sera identifié par modélisation biostatistique du risque de développer des maladies métaboliques et allergiques ainsi que des troubles neurocomportementaux. Le programme identifiera des biomarqueurs prédictifs et des stratégies de prévention au début de la vie pour l’épidémie croissante de maladies métaboliques et allergiques humaines. Ces progrès peuvent avoir un impact important sur la santé publique et générer des avantages socio-économiques.

2. Colonisation du microbiote intestinal après une micro transplantation fécale (FMT)

L’évolution a fourni des moyens efficaces de protéger l’homme des dangers extérieurs tout en exploitant les opportunités.

Le microbiote intestinal est un mélange complexe de microbes qui challengent l’intégrité de la barrière intestinale tout en offrant des avantages métaboliques. L’intégrité de la barrière intestinale est assurée par divers mécanismes, notamment des anticorps d’IgA sécrétoire (sIgA).

Les patients souffrant d’un déficit en IgA présentent une altération de l’écologie microbienne et un risque accru d’infection. Notre projet fournira une évaluation préclinique d’une approche thérapeutique visant à reconstituer les IgA chez des personnes immunodéficientes.

Cela permettra de mieux comprendre le rôle des IgA dans la régulation des interactions entre le microbiote intestinal et l’hôte et pourrait potentiellement apporter la preuve d’un traitement protecteur des pathologies immunodéficientes, telles que les immunodéficiences induites par les corticostéroïdes.

Les opportunités

  • Pronostics cliniques basés sur la composition immuno-microbiotique chez les nourrissons.
  • Pronostics de réussite de la FMT basés sur l’immunité sécrétoire des IgA.
  • Identifier les nutriments qui influencent l’interface hôte-microbiote.

Les publications

1.

Refinement of 16S rRNA gene analysis for low biomass biospecimens.
R. Villette, G. Autaa, S. Hind, J. B. Holm, A. Moreno-Sabater & M. Larsen, Scientific Reports 2021, volume 11, Article number: 10741

2.

Systemic anti-commensal response to fungi is related to gut mycobiome ecology.
Moreno-Sabater, A., … Larsen, M. Microbiome 2020 Nov 15; 8(1)

3.

Synergistic convergence of microbiota-specific systemic IgG and secretory IgA.
Fadlallah, J., … Larsen, M.* and Gorochov, G.* JACI 2018 Dec; 6749(18)31570-7 (*equal contribution)

4.

Microbial ecology perturbations in human IgA deficiency.
Fadlallah J … Larsen, M.* and Gorochov, G.*. STM 2018 May; 2;10(439) (*equal contribution)

5.

Analysis of bacterial surface-specific antibodies in body fluids using bacterial flow cytometry Moor K …. Larsen, M.* and Slack, E.*. Nat Prot 2016 Aug;11(8):1531-53 (*equal contribution)